当时这个消息被皇太极知道后，立刻派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵一万，第三次远征察哈尔，趁着大雾将额哲的营帐团团包围。
最后额哲抵抗不住，带着传国玉玺向八旗兵投降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部被后金降服。
皇太极得到传国玉玺后，被以额哲为首的漠南蒙古十九个封建主一同尊奉为博格达彻辰汗，也就是说，漠南蒙古人堕落到给自己找了一个满洲人当大汗。
皇太极成为蒙古大汗后，于第二年将国号从金改为大清，建立了大清帝国。
后来皇太极将察哈尔蒙古诸部分化，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。
三藩之乱的时候，察哈尔部的首领布尔尼举兵反清，遭到清军镇压，于是林丹汗的后裔被杀净。
漠南蒙古也就再没有与清军开战了。
纵观漠南蒙古被清朝征服的过程，完全就是蒙古人自己不争气造成的。
自从明朝将蒙古人赶出中原后，蒙古内部就四分五裂，如仇人一般相互攻击，结果给了清朝分化蒙古各部，孤立林丹汗的本部的机会。
最终清朝杀绝了正根的黄金家族，蒙古的正统汗权被满人攫取，蒙古人也就没有自己民族的大汗了。
比较搞笑的是，蒙古人虽然打不赢满清，但是在嫁女儿这方面很成功。
清朝前三任皇后都是科尔沁部落的郡主，最有名的就是孝庄皇太后了。
而当八旗子弟堕落之后，漠南蒙古的骑兵部队就成了满清统治的绝对中坚力量。
第二次鸦片战争时，僧格林沁与英法联军在八里桥血战的部队，就是科尔沁的蒙古骑兵。
喀尔喀蒙古被瓜分，属于漠西蒙古一脉的准噶尔汗国与清朝打了70年，历经康雍乾三朝，清朝人终于征服准噶尔汗国。
漠南蒙古是真正贯彻了清朝“满蒙一体”政策的蒙古人，属于满洲人的合作伙伴。
喀尔喀蒙古和清朝的关系就要差一些了。
漠西蒙古，这一支蒙古人也分为三股势力。
其中土尔扈特部被准噶尔挤走，流落到了伏尔加河下游定居，后来受到沙俄欺压，在首领渥巴锡的率领下回到清朝，还有一部分土尔扈特人留在了沙俄。
这一支漠西蒙古人与清朝没有恩怨，关系比较好。
另外一部分就是和硕特部，青海蒙古和硕特部的罗布臧丹津曾在雍正年间叛乱。
关外的历史，其实就是蒙古人在元朝灭亡后，窝里斗完，又被满清剿杀的历史。
满蒙一家当中，蒙古人的范围其实是很有限的。
明朝末年的实际情况是在晚期的嘉靖、隆庆到万历三朝时期、大明内阁，还有辽东、蓟州边镇的军政主官，都长期把蒙古视为最有威胁的敌人。
而明朝开始注意到建州努尔哈赤的威胁，是迟到万历二十八年，1600年才出现的。
在这年，努尔哈赤杀死海西哈达的末代首领孟格布录，哈达老部长王台的第五子。
孟格布录虽然昏聩无能，但是他从父亲那里袭承了明朝封赐的龙虎将军与都督等爵职。
虽然明朝对政治能力低下的孟格布录也很不满，但孟格布录统治哈达时期，同样坚持王忠、王台等先辈与明朝积极搞好关系的一贯路线。
明末海西女真四部，哈达曾强盛一时，现在居然成为第一个被灭亡者。
努尔哈赤杀孟格布录后，建州女真的势力发展到开原南关。
建州女真与海西女真的均势平衡被打破，这才引起了明朝的警觉。
万历二十九年正月，明朝遣使到建州，就此事诘责努尔哈赤，扬言要关闭抚顺马市，削去他的龙虎将军之衔。
努尔哈赤只好选择退却，向明朝悔过。
明朝趁机表示，要立孟格布录之子乌尔古岱为哈达新首领。
努尔哈赤立即表示同意。
当年七月，在明朝的主持下，努尔哈赤在抚顺关外盟誓，将扣押在建州的乌尔古岱送到明军手里，由明军护送到哈达城，继承首领。但当年哈达遇到饥荒，又遭到叶赫的侵吞，乌尔古岱年幼，无力控制局势，一个多月后，自己主动回到建州。
此时，海西女真叶赫，内喀尔喀蒙古炒花—宰塞等，都表现的桀骜不驯，或时常侵边犯境，或频频侵吞邻部。
明朝即便对努尔哈赤已经产生了一些警觉，但也只是把他当作辽东地区诸多不安定因素的之一。
明朝从嘉靖时期开始，北方塞外地区的主要边患对象仍然是蒙古人。
明朝嘉靖年间，因漠南蒙古右翼土默特势力强大，“虏患”主要是土默特的俺达汗。
俺达汗的核心地区，是大阴山以南的河套平原，威胁宣大延绥宁夏等西北边镇。
但是土默特的势力发展的太快，排挤左翼察哈尔，导致察哈尔东迁。
从嘉靖朝中期开始，逐渐向东侵蚀的土默特，已经频频从西峰口等处入塞，侵入京师以东的蓟镇防区。
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