于是，他们鼓动一些言官弹劾朱纨滥杀无辜。
嘉靖二十八年，嘉靖皇帝下诏罢免朱纨之职并派员按问，朱纨感到闽浙走私豪势必然借机杀他，遂喝药自尽。
然而不久之后，江、浙、闽、粤数省沿海却发生大规模海盗抢劫和烧杀事件，史称“嘉靖倭乱。
面对“嘉靖倭乱”，明朝几乎动员了全国的力量，直至嘉靖四十三年才将这场动乱平定。
朱纨死后，明朝海禁已然名存实亡，相关官员不敢言“海禁”事。
这个时候，明朝许多有识之士产生了新的海洋思想，如胡宗宪、谭纶等人。
在倭乱平息后福建巡抚谭纶就给朝廷上《条陈善后未尽事宜以备远略以图治安疏》，就福建地方治安和民生问题提出开海方案。
他在奏疏中提到：“弊源如鼠穴，也须留一个；若还都塞了，好处俱穿破”，并指出“闽人滨海而居者，不知其凡几也，大抵非为生于海则不得食”，“一切禁罢，则有无何所于通，衣食何所从出。如之，何不相率而引为盗也”。
因此，他请求朝廷允许福建人开海通商。
1567年1月23日，嘉靖皇帝病逝于乾清宫。
2月4日，其三子朱载垕继承皇位，是为穆宗，纪元隆庆。
明穆宗诏告群臣：“先朝政令有不便者，可上奏予以修改。”
不久，福建巡抚涂泽民奏请开放海禁，“准贩东、西二洋”。这一奏议得到朝廷批准，从而形成隆庆开海的局面。
隆庆开海局面之所能够形成，主要是因为明穆宗及其朝廷通过“嘉靖倭乱”了解到“市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇”的关系，顺应了一些有识之士要求适当开海的呼声。
嘉隆之际，福建地方大员一再奏请在该省开海，是基于“闽人滨海而居，非往来海中则不得食”的生活传统。
而福建之所以选择于月港开海，是因为月港在十六世纪以后已经成为福建沿海地区最大的走私贸易港口。
月港位于漳州东南五十里，地处九龙江入海处，因其地形状似弯月而得名。
早在成化、弘治年间，已是“风向帆转，宝贿填舟，家家赛神，钟鼓响答，东北巨贾竞鹜争驰”的闽南巨镇。
正德十二年，葡萄牙人在广东被逐后即转到月港一带，不久，西班牙人、日本人也前来互市。
嘉靖时期，由月港出海的“漳闽之人与番舶夷商贸贩方物，往来络绎于海上”。
隆庆开海后，凡是由月港出国贸易的商人，均采取每年申请制。
他们首先要在自己所在里邻勘报保结，然后由所在道府审批并发给“船引”。
船引是海商合法出海的凭据，要填写船上人员姓名、年貌、户籍、住址、所带器械、货物、前往国家、回国日期等。
同时，督饷馆与所在州县的循环号簿，也要录写船引上的内容。
海商回国时，则要根据所持船引和督饷馆所存号簿进行核查。
每艘出海商船，都要领船引一份。
凡是领得船引的海商，都必须交纳“引税”。
最初规定，每张船引纳税银三两，后来增加到六两。
起初，政府只是对船引的总量进行控制，每年发放五十张，万历三年增加到一百张，而没有对领持船引海商的出航国家进行限制。
万历十七年，政府将前往东、西洋商船的总数各定为四十四艘。
后来由于申请出海者过多，又将船引扩大到一百一十份。
隆庆开海最主要是带来了可观的经济收益。
隆庆开海后，除收取“引税”外，督饷馆还征收三种商税：水饷、陆饷、加增饷。
“水饷”根据商船尺寸长短征收，类似于今天的吨位税。
“陆饷”根据进口的具体货物征收，由到船上接买货物的铺商缴纳。
“加增饷”是专门针对从马尼拉回航，商船没有携带货物而只带回白银所征收的特别税。
督饷馆所征白银银两，开始每年在两万两左右，后来接近三万两，漳州督饷馆也被时人称为“天子之南库”。
而对于海商从马尼拉带回月港的西班牙银元，漳州人周起元说，“所贸金钱，岁无虑数十万”。
晚明从月港流入中国的白银，十六世纪七十年代年均约28.5万两，八十年代年均约88.9万两，到1600年以后年均达到100万两的规模，从而为明代货币白银化提供了重要条件。
伴随着白银的大量流入，中国的生丝及纺织品、陶瓷器、漆器等工艺品、矿产品及金属制品、水产品、农产品等商品也源源不断地输送至东南亚各港口。
以生丝及丝织品为例，明清之际的顾炎武曾记载，海商贩运湖丝，太湖流域生丝及丝织品至东南亚，获利一倍。
中国海商输往菲律宾群岛的丝货价值，1600年前后每年在103万两左右，1630年达到135万两左右。
而运往菲岛的中国丝织品，除了小部分在当地消费外，大部分又通过西班牙人的大帆船运往拉丁美洲销售，中国丝货价格只及西班牙同类产品的三分之一。
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