总纲
《九阴真经网络版》的故事背景取自明朝初年，这个时代是中国封建帝王势力的顶峰，有着高度集中的皇权和东厂、锦衣卫这些介乎于朝廷和江湖的各种势力。也是江湖武林从唐朝的雏形，到宋元的发展，至明朝形成前所未有的盛世。这个时代的中原政权稳定，使这个时期的江湖脱离了宋元时仅仅在于辅助军队作战的作用，形成了以武会友，崇尚个人武学的空前大发展，是一个最自由，最鼎盛的江湖。
时代起源于明朝洪武元年，明太祖朱元璋性格多疑，登基后正两兴大狱，诛杀功臣，为了巩固帝位，消灭随灭元而日渐强大的江湖势力而暗自布下众多锦衣卫隐入江湖，搜集天下武学以编撰号称武学总纲的《武定籍》，而这一宏伟的计划却在中途因太祖去世和明成祖朱棣的杀侄夺位而改变，而《九阴真经》等武学秘籍因此流落江湖，从而使这个时代的各类武学融会贯通并产生了武学的大革命，与此同时不仅是传统武学发生了演变而为之精进，还涌现出了以专克中原武学的西域武学，及逆修任督的燕门密宗等诸多势力，自此绚烂多彩的明朝武林展开序幕。
第一章，壮士大漠卒、妻儿百恨生：
一三七一年，大侠萧鸿万率领民间义士助朱元璋灭元，建立大明王朝后，又受其委托，前往漠北暗杀北元第一名将王保保。事成，萧鸿万却为掩护大家，受埋伏而死。众人冒生命危险抢到其尸身，带回中原与一处僻静祥和的桃源小村安葬。萧妻丁还凤怨众人只顾自己逃跑，未救得其夫性命，怀恨在心。彼时，萧鸿万长子萧天放正随丐帮长老习武，周游各地。丁还凤便带着九岁的次子萧天晴拜访故人——万苏山庄庄主萧千秋。萧昔日对丁一见钟情，念念不忘至今，且多年未娶。为使萧千秋将对其的关爱之心转移到次子身上，外柔内刚的丁还凤将天晴郑重托付给他后，自绝于萧家门前，以身殉夫。
第二章，君王腹中黑、侠客心胆寒：
侠士们回来后，朱元璋欲论功行赏，谋士刘基却与大家作了一次彻夜长谈，指出朱元璋此人只能共苦，不可同甘。次日，众人向朱元璋表明希望回归民间，过闲云野鹤的自由生活。一同请辞的，还有当年灭大元，远征漠北的名将郭伽。朱元璋佯允他们在大明疆土上任意走动，暗中却写下密诏，待政局彻底稳定后，暗中组织秘密机构将江湖势力一网打尽，以保大明太平。
第三章，圣域魔刀现、华山六圣出：
一晃，已经十七年过去，雪山圣域第一高手绿涯因修炼邪门武功《血海魔刀》被逐出师门，从此脱离雪山圣域，自称魔刀老祖。此年冬天，华山玉女峰比剑大会上诞生了六大当世高手，人称六圣。除追求至邪境界的魔刀老祖绿涯和亦正亦邪、玩世不恭的暗器高手黑白子外，其余四人皆随萧鸿万远赴漠北暗杀过名将王保保，彼此情同手足。九宫剑客出自九宫山，内功剑术天下第一。神僧玄鉴一人独习少林七十二绝技中的二十二技，是少林百年难得一见的武学奇才。名将郭伽精通兵法布阵，更曾得高人指点精妙无双的点穴功。而出身武林名门的世家高手林天南则凭着天下第四的武功和无可比拟的领导才华被众人推举为武林盟主。
第四章，齐心斗外域、同途却异路：
两年后，自成一脉体系的外域武林前来中原挑衅，六圣率领中原高手重挫外域武林的锐气，使其大败而归，六圣联手抗击外域武林，也成为江湖上一段津津乐道的佳话。
只可惜，这是他们第一次，也是最后一次的联手。不久之后，魔刀老祖绿涯邪功登顶，成魔，凭借手中的百夜魔刀横行江湖，滥杀无辜，每日以百人之血喂刀，成为武林公敌。玄鉴神僧与绿涯曾有一战，因玄鉴心怀度化仁念，以一招惜败，从此江湖上更是闻魔刀老祖而色变。直到事隔一年，九宫剑客重出江湖，与魔刀老祖在紫禁之巅对决三天三夜，使出江湖上失传已久的绝学秘笈——《九阴真经》中的武功，将魔刀老祖打败，百夜魔刀亦随之损毁。魔刀老祖似有所悟，弃刀而去，半年后逝于大漠。
六圣只剩下五人，黑白子性情偏颇，行迹古怪，不屑于正邪两道。自与西域大轮寺火工头陀比武胜利后便不知所踪。九宫剑客此战之后，自封九宫老人，归隐九宫山。无数江湖中人前来寻访，奈何九宫山千峰险峻，万壑竟幽，众人竟是寻他不得。昔日的郭伽将军则以神机老人自诩，隐居蓬莱钻研奇门遁甲、五行八卦。不久之后，玄鉴神僧因痴迷藏经阁武学而耽误救人，愧疚之下自逐少林，远走他乡。六圣中，只有林天南仍然是武林的领袖。
不过那年，武林中又诞生了新的门派——君子堂。名动天下的万苏山庄“别情公子”萧别情，驭船入太湖赏月，偶遇绿衣小筑“玉笔先生”石砚冰，两人一见如故，成为挚友，并决定建立君子堂，用来结交与他们一样满腹才情且精通乐律舞技之人，同时将他们所悟武学倾囊传授。萧别情正是当年的萧天晴，只因养父与生父同姓而不为江湖人所知。此事，就连其亲生兄长，已经成为丐帮帮主的萧天放亦蒙在鼓里。萧别情自知其兄受丐帮大恩，未免使天放为难，便决意此生不再相认。另一方面，其受母亲影响甚深，认为所谓的名门正派皆是道貌岸然的伪君子，与之格格不入，君子堂因而成为继唐门世家之后又一大中立门派。
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