在作为科学基础的数学领域，朱载堉的成果更堪称井喷：他开发了一系列管口校正的计算公式，准确测出了水银的密度。还创造性的用珠算来开平方，他首创的数列等式，更是解决了不同进位置的小数换算。这些计算方法，不但现代科学中还经常沿用，更代表了当时世界科学的巅峰。也同样凭着登峰造极的数学能力，喜好音律的朱载堉，也完成了一项影响深远，且在鞑清很“拉仇恨”的重大成就：十二平均律。
十二平均律，又叫十二等程律，是在音乐里，将一组八度音分成十二个半音音程的律制。这个新颖的律制，是朱载堉以81档的超大算盘，采用领先当时世界的开立方计算方法艰难得出。在世界音乐史上，更有跨时代的意义：千年来音乐里五度律和纯律不能返宫的难题，就此漂亮解决。音乐家的创作和现代音乐的发展，从此有了更广阔平台。可待到明清易代，这个伟大创造，却叫鞑清气得七窍生烟。
因为音乐在鞑清，并不是个娱乐问题，却是个关乎礼制典章的重大问题。所以朱载堉的新创造，放在鞑清皇帝眼里，就是严重的离经叛道。于是虏酋康熙一边在其作品《律吕正义》里，拼命剽窃朱载堉的成果，一边拼命歪曲攻击。到了乾隆年间，虏酋乾隆除了亲写文章，把朱载堉抹黑成“臆说”，更下旨王杰、彭元瑞、董诰等大臣，发起对朱载堉的痛批。于是，这位伟大科学家和他的成果，也就在滚滚骂声中，悲情隐没于中国历史。
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